结构变异在基因组中广泛存在，但其复杂性及其在反复驱动局部适应中的作用尚不明确。在这项研究中，我们利用单倍型基因组组装技术，揭示了竹节虫隐色模式的适应性分化是由反复出现结构变异所驱动的，而非简单染色体倒位。