近日,美国得克萨斯大学西南医学中心Yunsun Nam团队揭示了癌症相关突变如何通过改变METTL3-METTL14复合体对RNA甲基化(m6A)的特异性来促进肿瘤发生。研究发现,METTL14的R298P突变能够改变m6A的序列偏好,优先修饰含有GGAU ...
交集基因富集通路为 OA 治疗提供潜在靶点 ... 样本采集:获取 24 例未治疗胃癌患者的肿瘤及配对正常组织样本。 测序实验:进行批量 WES 和 RNA-seq 以及单细胞 RNA-seq。 单细胞数据分析:确定 11 种主要细胞类型,并细分出 81 种亚型。 联合分析: ⏩整合测序 ...
(五)差异基因分析 运用 XGBOOST(极端梯度提升)算法分析 RNA-Seq 数据,识别高风险和低风险组之间的核心 mRNA。将这些核心 mRNA 与单变量 Cox 回归分析筛选出的显著 mRNA 进行交集分析,确定潜在的关键基因。 (六)mRNA 预测模型构建与验证 对识别出的关键 mRNA ...
研究数据来源广泛,RNA - seq 表达数据、突变、拷贝数变异、DNA 甲基化及临床数据 ... 结合 TCGA - LUSC 数据集中的肿瘤上调基因和预后相关基因,经交集分析得到 31 个关键基因,再通过 “randomForestSRC” 包进一步筛选出 12 个核心适应性基因。基于这 12 个基因,在 ...
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